HondaJet wnosi wiele innowacji technicznych i nietypowych rozwiązań dla konstrukcji współczesnych samolotów, w tym umieszczenie silników nad skrzydłami. Pozwala to radykalnie poprawić osiągi i zmniejszyć zużycie paliwa dzięki obniżeniu oporów powietrza. Taka koncepcja konstrukcji płatowca prowadzi do obniżenia poziomu hałasu w kabinie, a także hałasu docierającego na ziemię w czasie lotu, umożliwia też powiększenie kabiny i zwiększenie pojemności ładunkowej.
Samolot napędzany jest przez dwa oszczędne silniki turboodrzutowe GE Honda HF120 i został wyposażony w najbardziej zaawansowany system awioniki jaki jest dostępny dla lekkich turboodrzutowych samolotów dyspozycyjnych z ekranami dotykowymi. Jest to nowej generacji system Garmin G3000 dostosowany do samolotu HondaJet, z trzema panoramicznymi 14-calowymi monitorami i dwoma mniejszymi dotykowymi ekranami funkcyjnymi.
HondaJet jest pierwszym komercyjnym samolotem zbudowanym przez ten japoński koncern.
