Jednostka napędowa 1.6 TDI, osiągająca moc 105 KM, bazuje na silniku 2.0 TDI/140 KM. Redukcję pojemności skokowej osiągnięto przez zmniejszenie średnicy cylindra i skrócenie skoku tłoka. Dzięki nowemu systemowi bezpośredniego wtrysku paliwa PCR2 (Piezo-Common Rail) silnik spełnia europejską normę emisji 5 EU.

Jak mówią konstruktorzy nowego TDI technika Common Rail zapewnia lepszy proces spalania, dzięki czemu praca silnika jest łagodniejsza, a towarzyszący temu dźwięk - cichszy. Zwiększony zakres maksymalnego momentu obrotowego (który wynosi 250 Nm i jest dostępny w zakresie od 1500 do 2500 obr./min) ma zapewnić płynną jazdę bez konieczności częstej zmiany biegów.

Motor uzbrojono w filtr cząstek stałych DPF, który oczyszcza spaliny z drobin sadzy. W porównaniu do swego poprzednika, silnik jest dużo cichszy i zużywa mniej paliwa o 0,6 l/100 km w wersji bez filtra cząstek stałych i o 0,4 l/100 km w przypadku wersji z filtrem cząstek stałych.

Skoda Octavia napędzana przez ten silnik przyspiesza od 0 do 100 km/h w 11,8 s i spala średnio 5,7 l/100 km w terenie miejskim a 3,9 l/100 poza miastem. Emisja CO₂ wynosi średnio 119 g/km.